1.感染中毒性疾病由于小儿肝脏的生物转化功能尚不健全，对从体外进入的药物或其他有毒物质，或体内产生的代谢活性物质或终末产物缺乏足够的灭活减毒能力，所以容易发生肝损害和肝功能异常。感染性疾病如败血症、伤寒、传染性单核细胞增多症、钩端螺旋体病。中毒性肝炎、寄生虫病等常并发肝功能异常。因此是原发的肝病还是继发的肝损害乃是临床经常遇到的问题，应注意区别。

2.婴儿肝炎综合征新生儿肝炎综合征或婴儿肝炎综合征作为临床病名是可以的，但病原学上包括可经母婴传播的乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒(HCV)、庚型肝炎病毒(HGV)，以及巨细胞病毒(CMV)、EB病毒、各种肠道病毒、副黏病毒、单纯疱疹病毒、弓形虫等，要作出明确病原诊断常因各种临床限制而相当困难。好在多数新生儿肝炎的临床经过是良好的。

3.营养性疾病小儿慢性肝炎的局部症状不明显，有时只有一般健康和生长发育状况不佳。在考虑营养不良等常见病的同时，应对肝脏情况和HBV血清标志物进行检查。另一方面，近年又出现不少营养过剩的肥胖儿童,因肝功能生化检测结果异常而误诊为肝炎的亦不少。

4.代谢性疾病偶有e抗原阳性母亲的婴幼儿发生重症肝炎、肝功能衰竭的，这时需要与少见的一些先天性代谢异常作鉴别，如酪氨酸血症、瓜氨酸血症、糖原贮积症、半乳糖血症、肝豆状核变性等，患儿也有肝大和肝功能衰竭临床表现。由于急性乙肝病毒重症肝炎的HBsAg常为阴性，更增加乙肝诊断的困难。这时病原学诊断不能依靠HBsAg，此时HBVDNA、抗HBcIgM检测有较大意义。

需综合流行病学特征、临床表现，主要靠特异性诊断的实验方法。