由于流感的表现与普通感冒及上呼吸道感染十分相似，无十分明显的特征，因此最初发生的病例不易诊断，诊断时应加以鉴别。
此外和流脑也要注意鉴别：
流脑是由脑膜炎双球菌引起的化脓性脑膜炎，全年与任何年龄都可发病，以冬春季发病较多，11月后发病率开始上升，2-4月达到高峰。以14岁以下年龄、尤其是7岁以下儿童发病率最高。脑膜炎双球菌隐藏于患者或带菌者的鼻咽分泌物中，主要通过咳嗽、打喷嚏、说话等由飞沫直接从空气传播，进入呼吸道而引起感染。感冒是由感冒病毒引起的呼吸道常见病，冬、春二季发病率也很高。发热、畏寒、头痛、咽痛、流涕、咳嗽是感冒的主要症状。
流脑传染性比流感弱得多
属于呼吸道传染病的流脑具有一定的传染性，但它在体外生存力极弱，故通过日常用品间接接触的机会极少，细菌常通过呼吸道和鼻咽部分泌物(如通过咳嗽、接吻等)传播。不过，流脑细菌的传染性比流感或SARS弱得多，一般性接触或仅仅吸入了脑膜炎患者呼吸过的空气是不会被传染的。但市民也不能因此掉以轻心，有时和脑膜炎患者密切或长时间接触是会被传染上细菌的。
流脑初期症状与感冒相似
流脑主要通过空气飞沫传播，一般来说，发热、头痛、呕吐是流脑三大主要症状。但值得注意的是，流脑的发病初期为上呼吸道感染期，这时患者会出现类似伤风感冒的症状，如咽痛、鼻塞、流涕，咳嗽和轻微的发热。而随着病情进展，流脑会发展至败血症期，表现为高热，精神萎靡，全身皮肤出现不规则的瘀点瘀斑，严重的出血疹可迅速扩大。接着，流脑还会进入脑膜炎期，出现剧烈的头痛、抽搐，并出现嗜睡、颈部强直、有喷射样呕吐和昏迷休克等危重症状。
此外，流脑还可分为普通型、暴发型、慢性败血症型。普通型预后良好，暴发型死亡率高，可达5%，严重的暴发型流脑病情进展迅速，可在发病后几小时到一天之内死亡。
与成年人相比，15岁以下的少年儿童，特别是6个月至2岁的婴幼儿，由于自身抵抗力差而更容易感染流脑。因此张主任提醒广大市民，在该病流行期间，市民如果有不明原因的发热、头痛和咽喉疼痛等症状，应提高警惕，及时到医院就诊，以便早发现、早治疗。而当孩子发烧时，父母应当密切注意其皮肤，一旦孩子在发烧的同时又出现皮疹，家长就应该带孩子及时就医，不要自行处理，随意给孩子吃药。
