小儿肾病的病因及发病机制目前尚不明确。已有的研究证实：
①肾小球滤过屏障结构或电化学的改变可导致蛋白尿。已知构成肾小球滤过屏障的各层含有许多带负电荷的成分，能够阻止血循环中带负电荷的物质通过，从而起到电荷屏障作用。在实验动物模型及人类NS进行的研究显示，微小病变肾病时肾小球滤过屏障带负电荷成分丢失，导致电荷屏障破坏，使血浆中大量带负电荷的中分子白蛋白滤出，形成高选择性蛋白尿。肾小球滤过屏障中裂孔膈膜分子如podocin、nephrin、WT1等的变化参与了蛋白尿的发生或发展。
②非微小病变肾病肾小球内常见免疫球蛋白和/或补体成分沉积，提示局部免疫反应可损伤肾小球滤过屏障而发生蛋白尿。
③细胞免疫失调可能参与微小病变肾病的发病。佐证包括：应用糖皮质激素和免疫抑制药物治疗有效;暂时性抑制细胞免疫的病毒感染如麻疹可诱导疾病缓解;T细胞功能异常的疾病如霍奇金病可并发微小病变肾病;在微小病变肾病患者中比较普遍地观察到两类T辅助细胞的失衡。
