西医病因：
隐睾症的病因还不很清楚，有关推测较高，一是从解剖因素来考虑，认为有以下10种原因：(1)睾丸系膜大短，不允许睾丸充分下降。(2)睾丸系膜与腹膜发生粘连。(3)睾丸血管的发育异常或存在皱褶，从上方牵拉而限制睾丸下降。(4)精索血管或输精管太短。(5)睾丸和附睾的直径太子腹股沟管的直径，以致于无法通过。(6)睾丸融合而变得太大，无法下降。(7)睾丸引带缺如、太短或固定。(8)提睾肌活动过于剧烈妨碍睾丸下降。(9)腹股沟管的发育不良，不能让睾丸通过。(10)阴囊发育不良，缺少容纳睾丸的腔隙。二是从内分泌因素来考虑，认为睾丸下降需要充足量的性激素刺激，尤其是来自母体的促性腺激素。妊娠最后二周时，母体促性腺激素大量释放，促使胎儿的睾丸下降至阴囊。如果分泌不足，便有可能导致隐睾，但这个观点难以解释单侧隐睾的原因;另一种观念认为是睾丸本身发育不良，一方面造成对促性腺激素刺激的不敏感，另一方面睾丸本身的睾酮生产也发生障碍或紊乱，从而形成隐睾。
中医病因：
先天禀赋不足，肾气虚弱，天癸不充，致使肾子发育停滞或延迟，不能降入阴囊，形成隐睾。
病理：
隐睾体积明显缩小，高位腹腔型更为严重，比正常睾丸一半还小。睾丸体轻质软，下附睾衔接松弛、分离，在光镜与电镜对照下发现隐睾的病儿在2岁～4岁时有曲细精管周围纤维化，间质比例增加及曲细精管退化形成的沙样瘤。从2岁～3岁开始隐睾的曲细精管中精原细胞数量减少，退行性变突出。病变累及间质、精原细胞、支持细胞和间质细胞。5岁时更明显，并随年龄增长而加重。因此，对隐睾病儿于2岁后就应该进行手术治疗，最佳年龄应是2岁～4岁，若为单侧隐睾，则对侧正常睾丸生精功能可代偿性增强，一般仍具备生育能力，但双侧隐睾或对侧睾丸曲细精管异常，则丧失生育能力，性功能与第二性征一般不受影响。
