直肠脱垂的病因尚不完全明了，认为与多种因素有关。
1.解剖因素
发育不良幼儿、营养不良患者、年老衰弱者，易出现肛提肌和盆底筋膜薄弱无力;小儿骶骨弯曲度小、过直;手术、外伤损伤肛门直肠周围肌或神经等因素都可减弱直肠周围组织对直肠的固定、支持作用，直肠易于脱出。
2.腹压增加
如便秘、腹泻、前列腺肥大、慢性咳嗽、排尿困难、多次分娩等，经常致使腹压升高，推动直肠向下脱出。
3.其他
内痔、直肠息肉经常脱出，向下牵拉直肠黏膜，诱发黏膜脱垂。
目前，引起直肠完全脱垂有以下两种学说。①滑动疝学说因腹腔内压力增高及盆底组织松弛，直肠膀胱陷凹或直肠子宫陷凹处直肠前腹膜反折部被推向下移位，将直肠前壁压入直肠壶腹，最后脱出肛门外。②肠套叠学说套叠始于直肠乙状结肠交界处，在腹压增加，盆底松弛等因素影响下，套叠部分不断下移，最终使直肠由肛门外脱出。