髌骨骨折术后三个月膝盖仍然疼痛可能是由以下原因造成的：
1.手术后恢复不充分：手术后的康复期非常重要，如果没有按照医生的建议进行充分的康复训练，膝盖的疼痛可能会持续很长时间。
2.骨折没有完全愈合：如果骨折没有完全愈合，膝盖会感到疼痛。这种情况需要进行再次检查和治疗。
3.关节炎：骨折手术后，关节可能会出现炎症，导致膝盖疼痛。这种情况需要进行相关的治疗。
4.肌肉萎缩：手术后，膝盖周围的肌肉可能会萎缩，导致膝盖疼痛。这种情况需要进行适当的康复训练。
总之，如果髌骨骨折术后三个月膝盖仍然疼痛，需要及时就医，进行检查和治疗。