尿道炎首先应与淋病性尿道炎区别，淋病性尿道炎是一种特异性感染的性病，尿道有脓性分泌物，脓液涂片染色检查可见在分叶核粒细胞内有革兰氏阴性双球菌。其次，应与非淋菌性尿道炎及滴虫性尿道炎区别，女性容易在阴道内找到滴虫，而在男性不易找到滴虫，常需在包皮下、尿道口分泌物、前列腺液以及尿液中检查有无滴虫，作出诊断。Reiter症候群除尿道炎外，同时有结膜炎和关节炎。
NGU应与淋菌性尿道炎、生殖器疱疹、生殖器念珠菌病等鉴别。
临床上，沙眼衣原体感染常与淋球菌感染有紧密联系。这两种病原体均可引起男性尿道炎、附睾炎、直肠炎，女性宫颈炎、尿道炎、盆腔炎等，它们引起的疾病，其临床症状和体征差别不大，因此单凭临床观察是不易区分的。而且沙眼衣原体和淋球菌可合并感染。准确的鉴别诊断有赖于实验室检查。在临床实践中，常对确定为淋球菌感染者，无论是否检查沙眼衣原体感染，均常规给予抗淋球菌和沙眼衣原体两种病原体的治疗。