1.涂片染色检查 排除淋球菌、念珠菌和其他细菌感染;尿道分泌物涂片高倍油镜下白细胞>4个/5个平均视野;宫颈分泌物涂片高倍油镜下白细胞>10个/5个平均视野。
2.尿白细胞酯酶试验 不足60岁的男性，无肾脏疾病或膀胱感染，无前列腺炎或尿路机械性损伤，尿白细胞酯酶阳性者也可诊断为NGU。
3.沙眼衣原体(CT)检查
(1)细胞学检查：取分泌物涂片，固定后作Giemsa染色或碘染色检查。
(2)组织细胞培养检查：为确诊CT感染的标准方法。组织细胞培养法检测CT的特异性为100%，敏感性为80%～90%。
(3)血清学检查：包括补体结合试验、微量免疫荧光试验和对流免疫电泳试验。
(4)免疫学检查：主要用于CT的进一步鉴定。
①直接免疫荧光试验(DFA)：涂片后采用荧光素标记的单克隆抗体染色，但也有假阳性。多数作者认为不如培养法敏感，较为特异。
②酶免疫测定试验(EIA)：有Kodak sure cell、chlamydiazyme、Syva micro trak和IDEIA等试剂盒，采用EIA技术检测清晨首次尿(FCU)沉渣标本中的CT抗原。
③固相酶免疫试验：如clearview test pack等为一种快速免疫测定试验，主要用于检测宫颈标本中的衣原体抗体。
(5)分子生物学检查：
①核酸探针检测法：近年应用的Gen-Probe PACE2系统和改良的PACE2法。
②核酸扩增检测法：又分为两种方法。
A.聚合酶链反应(PCR)：以CT主要外膜蛋白(OMP-1)作为引物，确定真阳性结果。该法快速、简便，对检测材料要求低，但也存在假阳性、假阴性及引物不同结果不同等不少问题。
B.连接酶链反应(LCR)：对CT的OPM-1靶基因用该法检查，敏感性和特异性均极强。
4.支原体检查
(1)培养检查：为确诊支原体感染的标准方法。
(2)血清学检查：包括琼脂扩散法、荧光素标记抗体法和微量酶联免疫吸附试验。
(3)分子生物学检查：同衣原体检查。