首先根据血尿的伴随症状来区别不同血尿，若血尿伴有尿频、尿急、尿痛，尤伴尿痛者，多为泌尿系感染、结石等，称为有痛性血尿；若血尿不伴尿痛，称为无痛性血尿，在肾炎、肾结核、泌尿系肿瘤中很常见，尤其年龄大的患者，出现肉眼血尿，呈无痛性，应当注意进行各方面检查，以排除恶性病变。
血尿伴随的其它全身性症状，也可以据此分析区别血尿的原因。目前采用尿红细胞形态的检查，来判断血尿的来源，符合率达90%左右。具体办法是取离心后尿沉渣，置于玻片上，用相差显微镜来观察尿中红细胞的形态。肾小球源性血尿，其尿中红细胞为变形红细胞，即红细胞呈现多种形态，如面包圈样、草莓样、水滴样，甚至为破碎红细胞，提示血尿是因肾小球的病变所导致。非肾小球源性血尿，尿中红细胞多呈正常或大致正常形态。
此外，肉眼血尿还应与血红蛋白尿相鉴别。血红蛋白尿的产生是由于溶血性疾病，血浆中游离血红蛋白含量增加，越过了肾阈值，从肾小球滤过，而进入尿中。血红蛋白尿的颜色可呈红色、棕色，甚至呈黑色。与血尿鉴别主要依靠显微镜检查，血尿的尿中含有大量红细胞，而血红蛋白尿中无红细胞，这是两者根本的不同之处。
