隐球菌性脑膜炎的诊断主要根据临床症状、体征、病理检查及实验室检查，而最后确诊有赖于各种标本直接镜检、培养或病理检查发现隐球菌。

隐球菌脑膜炎最易误诊为结核性脑膜炎，鉴别要点见表1。此外，还应与化脓性脑膜炎、病毒性脑膜炎、脑脓肿、脑蛛网膜炎、脑血管疾病、格林巴利综合征等相鉴别。