本病目前仍有较高死亡率，死亡原因主要为脑疝。早期被误诊、用药剂量或疗程不足合并多种基础疾病、脑脊液压力过高应用激素或抗生素时间过长者，预后差。可遗留脑神经瘫痪、肢体瘫痪、脑积水等后遗症。

1.鸽可能是主要传染源，注意防范由此途径传染。

2.新型隐球菌多由呼吸道吸入，注意增强体质，预防上呼吸道感染。

3.避免长期大量应用广谱抗生素、免疫抑制药。

4.防治结核病、糖尿病等易引起隐球菌性脑膜炎或脑膜脑炎。

5.早期综合治疗减轻并发症降低死亡率。