小孩手指甲凹凸不平的原因可能有以下几个方面：
1. 年龄：3岁的小孩手指甲凹凸不平可能是因为他们的指甲还没有完全发育成熟，需要一定时间才能变得更加平滑。
2. 营养不良：如果小孩缺乏某些营养物质，如维生素、蛋白质等，会导致指甲凹凸不平，甚至出现裂纹等问题。
3. 习惯性咬指甲：如果小孩有咬指甲的习惯，会导致指甲表面不平整，甚至出现伤口等问题。
4. 疾病：某些疾病，如甲沟炎、甲癣等，也会导致指甲凹凸不平。
因此，家长应该注意小孩的饮食营养，避免让小孩养成咬指甲的习惯，定期检查小孩的指甲是否有异常，如有异常应及时就医。