新生儿拉肚子需要继续补充维生素D3。
原因如下：
1. 维生素D3是新生儿骨骼生长和发育所必需的营养素，可以促进钙的吸收和利用，有助于骨骼的形成和增强。即使在拉肚子的情况下，维生素D3的摄入也不能停止。
2. 拉肚子可能导致新生儿的营养摄入不足，包括维生素D3。如果停止补充维生素D3，可能会进一步降低新生儿的营养水平，对其健康和发育产生不利影响。
3. 维生素D3的补充通常是通过口服滴剂的形式进行，不会对拉肚子造成影响。如果出现严重的腹泻症状，建议及时就医治疗，同时咨询医生是否需要调整维生素D3的剂量和摄入方式。