钩体病的潜伏期为1～2周，最长可达4周。早期可出现发热、肌痛(尤其是腓肠肌疼痛和压痛)、全身乏力、眼结膜充血及淋巴结肿大，具有特征性的“三症状”、“三体征”的感染中毒表现。患者常于病程3～10天出现器官损害症状，按不同的临床表现可分为流感伤寒型、肺出血型、黄疸出血型、肾功能衰竭型及脑膜脑炎型等。其中肺出血型又可分为普通肺出血型和肺弥漫性出血型，后者病情凶险，病死率高。
钩体病相关肾病可伴随流感伤寒型、黄疸出血型钩体病发生，若单独出现，即为肾功能衰竭型。临床表现主要以少尿、蛋白尿、尿中有少量白细胞、红细胞、管型等。少数严重患者病情呈进行性加重，出现无尿、酸中毒、肾功能衰竭、尿毒症。钩体病相关肾病一般预后较好，多数病人通过少尿期、多尿期而恢复。
近年来有人将钩体病的表现，分为两相病程：
1.“钩体血症”相 高热、结膜充血、肌痛和头痛，然后可出现肝炎、肾炎及出血。
2.“免疫”相 初期发热等症状逐渐消失，中枢与外周神经系统的症状出现。