1.光镜和电镜
在BP的非大疱期或不典型患者，光镜仅能看到表皮下裂隙和嗜酸性粒细胞性海绵水肿，很少能提供特异的信息。在早期水疱的活检标本，典型所见为表皮下疱、真皮上层嗜酸性粒细胞和单一核细胞的炎症浸润。水疱内有纤维蛋白网和数量不等的炎症细胞浸润，电镜显示形成的表皮下疱在透明板水平。
2.免疫荧光显微镜
在几乎所有的病人中，皮损周围未受累皮肤的直接免疫荧光显微镜检查，可见特征性沿表皮基底膜(BMZ)连续、细线状IgG和/或C3(以及比较少见的其他Ig类别)的沉积，IgG4和 IgG1是主要的IgG亚类。仔细分析BMZ的线状荧光模式(N锯齿状与U锯齿状模式)，以及用1M NaCl处理过的病损周围皮肤(即盐裂皮肤)作 IF，有助于鉴别BP与其他自身免疫性大疱病。BP患者的免疫沉积物在盐裂皮肤的表皮侧(顶部)或在同时在表皮侧和真皮侧。尽管不能作为常规，但计算机辅助荧光重叠抗原图技术可以更精确地确定免疫反应物沉积的位置。
3.免疫电镜
免疫电子显微镜并不能广泛使用，用金标记法已证明体内IgG抗体沉积主要在半桥粒下基底细胞膜的外侧，与BP180胞外域的定位是一致的。通过间接免疫电镜，发现针对BP230和BP180的自身抗体分别结合在半桥粒斑和半桥粒下透明板水平。
