目前对真菌中毒还处于研究阶段，了解很不够，已知一种真菌可有几种毒素，而不同种真菌又可有相同毒素所以真菌性食物中毒时往往出现相似的症状。一般来说，急性真菌性食物中毒潜伏期短，先有胃肠道症状，如上腹不适、恶心、呕吐、腹胀、腹痛、厌食、偶有腹泻等(镰刀霉菌中毒较突出)。以后依各种真菌毒素的不同作用。发生肝、肾、神经、血液等系统的损害，出现相应症，状如肝脏肿大、压痛，肝功异常，出现黄疸(常见于黄曲霉菌及岛青霉菌中毒)，蛋白尿，血尿，甚至尿少、尿闭等(纯绿青霉菌中毒易发生)有些真菌(如黑色葡萄穗状霉菌、岛青霉菌)毒素引起中性粒细胞减少或缺乏血小板减少发生出血。有些真菌(如棒曲霉菌、米曲霉菌)中毒易发生神经系症状，而有头晕、头痛、迟钝、躁动运动失调甚至惊厥昏迷麻痹等。患者多死于肝、肾功能衰竭或中枢神经麻痹病，死率可高达 40%～70%。慢性真菌性食物中毒除引起肝、肾功能及血液细胞损害外，有些种真菌可以引起癌症。
