当人们讨论转基因农作物对环境的“危害”，考虑的是基因意外流动的问题。理论上存在这种可能，即转基因农作物通过花粉、细菌等其他渠道，把外源基因再转移到该种农作物的野生种，或转移到其他物种。

　　前一种情况例如担心转基因水稻的基因会“污染”野生水稻。这其实并非转基因作物特有的问题。种植传统的作物同样可能造成和野生品种通过花粉进行基因交流。例如杂交水稻的基因也可能“污染”野生水稻，但人们并没有因此就不在有野生水稻的地区种杂交水稻。和传统作物相比，转基因水稻不过是在原有的几万个基因中增添了一个额外基因而已。可以通过野生和转基因水稻分开种植来避免。

　　这也是为什么要通过科学有效的管理方法，来避免这样的问题发生。考虑花粉传播距离、杂交发生的概率等因素，各国制定了人为的标准，让转基因作物的种植和传统作物或有机农作物保持安全距离，来避免通过花粉产生“基因流动”。各国对“安全距离”的规定不一样。比如比利时法兰德斯规定转基因玉米种植要与传统作物相隔200米；丹麦规定玉米为200米，甜菜50米，马铃薯20米；卢森堡是玉米800米，甜菜2000米，油菜3000米；波兰是玉米200/300米，甜菜100米，马铃薯50米；葡萄牙是玉米200米；瑞典是玉米15-50米，马铃薯2米；德国规定转基因玉米距离其他传统作物150米，距离有机玉米300米；斯洛伐克规定玉米200/300米，马铃薯20米，油菜400/600米，芜菁50米。各国区别不小。卢森堡的规定有些搞笑，这么小的国家，如果要距离800米的话，可能就跑到比利时境内了。

　　人们也会担心跨物种的基因转移，转基因作物组织降解过程中，未降解的部分DNA片段可能被整合到微生物（细菌或病毒）基因组中，理论上就有可能通过微生物进行基因的传递。例如人们担心通过这样的途径产生“超级杂草”。科学讲求实证，到目前为止，还没有证据证实转基因作物进行这样跨物种的基因流动。