蛋黄颜色深一点营养价值更高，原因如下：
1. 蛋黄越黄，其中所含的类胡萝卜素含量相对越高，类胡萝卜素能合成叶黄素，而叶黄素对保护视网膜免受蓝光和紫外线损伤、维持视力、改善视疲劳、提升视力具有很大帮助。
2. 蛋黄颜色深的，说明饲料中所含的天然色素成分就越多，这些色素对蛋黄颜色影响较大，同时，深色蛋黄中的营养成分也更加丰富，尤其是所含的锌和铁元素明显多于浅色蛋黄。
因此，饲料颜色不同，所含的天然色素成分越多，就会导致蛋黄颜色深浅不同，虽然深浅不同会影响到蛋黄的口感和外观，但是从营养价值方面来看，并没有明显的区别。