病原学检查：
1.直接镜检标本
以10%氢氧化钾或生理盐水制片，高倍镜下发现大量菌丝和孢子有诊断意义。对于双相型真菌，仅查到孢子可能是正常带菌。真菌性肠炎的6种常见病原多数情况下直接镜检即可鉴定，但孢子、菌丝和其他背景物质有时相互混淆，不易辨认。
2.染色
镜检常用的染色方法：①革兰染色 适用于念珠菌，孢子、菌丝染成蓝色，但着色不均。②过碘酸锡夫染色(PA5) 真菌孢子、菌丝均染成红色。③丫啶橙染色 荧光显微镜下真菌孢子呈亮绿色。④吉姆萨染色和瑞特染色 适用于荚膜组织胞浆菌，染色前用甲醇固定，油镜下菌体染成红色，较小一端有出芽，菌体周围有一圈荚膜样结构，为此菌的细胞壁。通常菌体位于巨噬细胞或单核细胞内，少数位于细胞外。⑤乳酸酚棉蓝染色 适用于各种真菌培养涂片，菌体染成蓝色。
3.真菌培养
粪标本直接镜检通常不容易确定菌种，需参考粪培养结果，观察菌落形态，再挑取菌落染色后镜检。常用沙保培养基和血琼脂培养基。对于双相型真菌还需在不同温度下(25℃或37℃)分别培养，以便观察其形态改变。