1.念珠菌肠炎
最常见，好发于儿童，尤其是营养不良或严重衰竭的婴儿。主要表现为腹泻，大便每天10～20次，呈水样或豆腐渣样，泡沫比较多且呈黄绿色，可伴有腹胀、低热，甚至呕吐，但腹痛少见。粪标本碘涂片可见大量出芽酵母和菌丝，培养多为白色念珠菌。患儿常伴有鹅口疮。有基础疾病的患者则往往于发病前有应用广谱抗生素史。
2.曲菌肠炎
好发于有基础疾病的体力劳动者，多为烟曲菌所致。往往继发于肺曲菌病。曲菌肠炎的临床表现以腹痛和血便为主，可引起消化道大出血，而腹泻常不典型，也缺乏念珠菌肠炎的迁延性经过，侵犯血管后易发展为播散性曲菌病。
3.毛霉菌肠炎
因摄入被真菌孢子污染的食物所致，好发于营养不良的儿童或有胃肠道慢性疾病的患者。其特点是血管栓塞后引起黏膜溃疡甚至穿孔的表现，多伴有胃的感染和胃溃疡。可出现腹痛、腹泻、呕血和黑便，或肠穿孔导致腹膜炎，或侵入胃肠血管导致血行播散，病情发展快，病死率高。
4.组织胞浆菌肠炎
具有地方流行性，多见于艾滋病患者或儿童，因吸入或摄入来自污染土壤中的孢子所致。临床经过酷似局限性肠炎或溃疡性结肠炎。起病缓慢，有发热、消化不良、腹泻、黑便、腹痛，有时呕吐。常伴有肺部感染灶，但以肠炎为主要表现。
5.副球孢子菌肠炎
继发于肺部感染灶或经血行播散而感染。主要见于巴西中部高原，经常接触土壤的人群较易患此病。病变多在回盲部，引起有脓肿形成的溃疡性肉芽肿。病原菌可通过淋巴播散至局部淋巴结、肝、脾。主要症状是腹痛，右下腹可触及包块，伴腹泻、呕吐，往往由于出现腹腔积液和腹腔淋巴结肿大而易误诊为结核或肿瘤。
6.地丝菌肠炎
地丝菌和念珠菌相似，是一种内源性条件致病菌。地丝菌肠炎多见于有免疫缺陷的慢性病患者和应用免疫抑制药、抗生素或糖皮质激素者。症状有腹痛、腹泻、脓血便或黏液便，与痢疾相似，但脓血便中可查到大量地丝菌和长方形关节孢子。患者多伴有口腔地丝菌病，类似鹅口疮。